El software está compilado como un binario de 32 bits, pero tengo entendido Windows 2003 Server de 64 bits detecta estos binarios y los corre en una especie de caja adaptadora, por lo que no debería haber problemas.
Te recomiendo que lo intentes, si no va a funcionar lo vas a detectar rápidamente, probablemente hasta el instalador falle. Y luego postees algún comentario de tu experiencia así ya sabemos si funciona o no.